Potentiellt farliga covidmutationer ska kartläggas i ny Uppsalastudie

11 november 2022

Illustratration av coronavirus och dna-strängar

SARS-CoV-2 viruset som orsakar covid-19 har visat sig besitta en stor kapacitet att mutera.

Med CRUSH Covid kartlade forskare i Uppsala på ett banbrytande sätt smittspridningen under pandemin, med fokus på att förhindra samhällsspridning. Inom kort startas en ny studie i syfte att fånga upp virusvarianter som kan hota den relativt stabila situationen. Med utgångspunkt i positiva PCR-prover ska forskarna kartlägga den genetiska sammansättningen hos olika virusmutationer kopplat till symtom och mående hos personer som fått coviddiagnos.

– Genom att studera virusens genetiska kod får vi bättre koll på vilka covidvarianter som är vanligast. Samtidigt vill vi undersöka vilka symtom de ger för att hitta potentiellt farliga mutationer. Det kan till exempel handla om neurologiska symtom och symtom från mage-tarm, säger Mats Martinell, medicinskt ansvarig läkare inom provtagnings- och smittspårningsenheten i Region Uppsala och ansvarig forskare för CRUSH Covid. 

Covid-19 brukar beskrivas som ett lurigt virus som har visat sig besitta stor kapacitet att mutera. Efter omikron har mutationsfrekvensen ökat markant. Idag känner man till cirka 100 undergrupper till BA5. 

Virusets genetiska kod spelar in

Mats Martinell betonar att virusets genetiska kod endast är en av flera faktorer som påverkar måendet hos personer med covid. Även samsjuklighet, ålder med mera spelar in. 

Alla i Uppsala län som testas positivt för covid-19, influensa eller RS virus kommer tillfrågas att delta i studien genom att rapportera sina symtom i en webbenkät. Frågorna handlar om mående, symtom, hur länge man varit sjuk, hur intensiv man upplever sjukdomen samt hur man mådde innan diagnosen. De som har symtom följs sedan upp och får besvara ytterligare frågor via mejl. Därefter kommer forskarna koppla sjukdomsbild till virusets genetiska kod. 

Porträtt av Mats Martinell
Mats Martinell, medicinskt ansvarig läkare inom
provtagnings- och smittspårningsenheten i Region
Uppsala och ansvarig forskare för CRUSH Covid.
Foto: David Naylor 

– I likhet med CRUSH Covid kommer den nya studien fortlöpande redovisa resultat via en hemsida. Analys och resultat kommer att redovisas visuellt med bilder som visar symtom och sjukdomsbild i kluster, berättar Mats Martinell.

Detta menar han är ett nytt angreppssätt som möjliggjorts tack vare det nära kliniska utvecklingssamarbetet under pandemin mellan provtagningsenheten (primärvården) och virologer inom klinisk mikrobiologi (gensekvensering) vid Akademiska sjukhuset. Att alla prover kan analyseras på laboratoriet vid Akademiska är en klar fördel.

Kapacitet för flera hundra prover i veckan

På laboratoriet för klinisk mikrobiologi kan flera hundra prover i veckan sekvenseras.

– I denna studie betraktas många parametrar som kommer att bidra till en djupare förståelse om hur SARS-CoV-2 viruset fungerar. Det känns väldig bra att vi är i en fas av pandemin där vi kan forska på sådana frågeställningar och inte bara analysera tusentals prover, säger René Kaden, mikrobiolog på Akademiska sjukhuset.

Uppsala universitet och Region Uppsala har ett delat huvudmannaskap för studien som görs i samarbete mellan institutionen för folkhälso-och vårdvetenskap (Uppsala universitet), klinisk mikrobiologi (Akademiska sjukhuset), Akademiskt primärvårdscentrum och Provtagningsenheten (Nära vård och hälsa, Region Uppsala).