Nya nedärvda retrovirus identifierade i koalans arvsmassa

17 June 2022

Koala i träd

Virusinfektioner har lämnat spår efter sig i koalans arvsmassa.

Historiska virusinfektioner kan spåras i ryggradsdjurens arvsmassa. Under miljontals år har dessa arvsmassor varit depåer för retrovirus som införlivat sin kod i könsceller och sedan nedärvts som endogena retrovirus (ERV). Forskare från Uppsala universitet presenterar nu nya rön om retroviral etablering i koalans arvsmassa. Resultaten publiceras i tidskriften PNAS.

Forskarna undersökte koalagenomet och hittade, förutom det tidigare kända koala-retroviruset (KoRV), nya ERV-linjer. KoRV har associerats med sjukdomar som cancer hos koalor och håller på att etableras som ERV i koala¬populationen. Detta har bidragit till att koala blivit en intressant modell för etablering av retrovirus i realtid och dess hälsoeffekter, vilket nu förstärks av det oväntade utbredningsmönstret hos nya ERV-linjer.

– Genom att undersöka tillgängliga koalagenom har vi identifierat nya ERV-linjer. En av dessa är besläktad med ett retrovirus hos dödskalleapan som normalt finns i Syd- och Centralamerika. Många ERV av denna typ återfinns bara i ett fåtal koalaindivider, vilket tyder på att de är relativt nya. Mönstret kan till och med tyda på att det pågår etablering i populationen, säger Mette Lillie, huvudförfattare för studien.

Kan finnas fler retrovirus

Storskalig sekvensering av hela arvsmassor från artpopulationer gör det möjligt för forskarna att dra paralleller mellan nya ERV och retrovirus som just nu håller på att etablera sig, såsom KoRV. Baserat på utbredningsmönstret hos ERV i populationen och jämförelser av hur de olika ERV-linjerna skiljer sig åt drar forskarna slutsatsen att ytterligare aktiva retrovirus kan finnas att upptäcka hos koalan och andra djurarter som delar samma miljö. Observationerna utgör en drivkraft att söka efter potentiellt aktiva retrovirus i den australiska faunan, som ännu inte blivit identifierade.

– De ERV som lämnats kvar efter retrovirusinfektioner i det förflutna gör det nu möjligt att avslöja historiska interaktioner mellan retrovirus och djurarter, som till exempel att kartlägga hur virusöverföring har skett. Variationer i utbredningsmönster hos ERV inom värdpopulationer kan också bli värdefulla genomiska markörer vid till exempel hantering och skydd av hotade arter, säger Patric Jern, Uppsala universitet, som lett studien.